Die Schadensminderungspflicht ist im Grunde eine Selbstverständlichkeit:
Wenn man selbst mit dafür verantwortlich ist, dass ein Schaden entsteht, kann man nicht den vollen Ausgleich vom Schädiger verlangen ("Mitverschulden" §254 I) - wenn man zwar nicht mitverantwortlich für die Schadenssentstehung ist, aber dafür, dass der Schaden gerade so groß geworden ist gilt das Selbe ("Schadenminderungspflicht" §254 II )
Man soll also nicht erst sehenden Auges einen kleinen Schaden zu einem großen werden lassen und dann Ersatz für den ganzen, großen Schaden verlangen können.
Grds. gilt das für die gesetzliche Gewährleistung wie auch für eine vertragliche Garantie - allerdings ist es gut möglich, dass im Kaufvertrag (AGB) bzgl. der Gewährleistung oder im Garantievertrag bzgl. der Garantie etwas abweichendes vereinbart worden ist. Jedenfalls ist das grds. möglich.
Die Frage ist aber, ob es denn tatsächlich so ist, dass der Schaden dadurch größer wird, dass das Dach dann irgendwann komplett durchrostet, oder ob nicht der gleiche Aufwand auch bei nur kleineren "Anrostungen" nötig wäre…
Das ist allerding ne technische Frage die ich nicht beantworten kann.
Jedenfalls, wenn auf beiden Seiten des Daches auf jeweils der vollen Länge solche Rostblasen zu sehen sind (so bei mir) denke ich mal, dass der Reparaturaufwand der selbe wie bei kompletter Durchrostung ist.
Zur 12-jahres Garantie: Ich kann den Garantieerklärungen aus meinem Checkheft jedenfalls NICHT entnehmen, dass diese Garantie nur für Durchrostungen VON INNEN NACH AUßEN gelten soll. Hier stand das ja verschiedentlich so. Kann mir jemand sagen woher das kommt ? Ist das evtl. nur eine Verwechslung mit der 30-jahres-Durchrostgarantie von Mercedes ? (die haben diese Bedingung)
Hierzu: http://www.verbraucherzentrale-bremen.de/download/verbraucherrecht/zulaessige-kundenbindung.pdf 
Auch kann ich meinem Checkheft nicht so direkt entnehmen, dass die Garantie daran gekoppelt sein soll, dass regelmäßige Wartungsintervalle gerade in einer Audi-Vertragswerkstatt gemacht wurden.
In meinem Checkheft ("Serviceplan")steht:
"Gewährleistungsansprüche bestehen nicht, wenn …
Schäden an der Karosserie nicht rechtzeitig und fachgerecht nach Herstellervorschrift bei einem Audipartner beseitigt wurden oder…"
Diese Formulierung ("beseitigt wurden") klingt für mich nur nach der oben angesprochenen Schadenminderungspflicht. Wer tatsächlich schon entstandene Schäden nicht rechtzeitig behebt, soll auch nix bekommen.
Eine generelle Pflicht schon vorsorglich regelmäßige Wartungsintervalle bei einer Audi-Vertragswerkstatt machen zu lassen um diese Garantie in Anspruch nehmen zu dürfen ergibt sich m.E. daraus nicht !
Allerdings weiß ich nicht, ob dieses Checkheft schon die ganze Garantieerklärung sein soll, oder ob nur - der Übersichtlichkeit halber - noch mal Auszüge aus der Garantieerklärung in's Checkheft gedruckt wurden …
M.f.G. Daniel