Wenn Du einzelne Dateien sichern willst, dann schau Dir mal das Programm an. Es gibt da ne 30-Tage-Trial ohne Einschränkungen. Kostet 30 Dollar.
http://www.secondcopy.com/index.html
Hat auch FTP-Support und läuft auch auf Windows2003 StorageServer (selbst dort in Betrieb). Kann Daten synchronisieren, kopiert nur neue und veränderte Dateien, etc. pp. Kannst da verschieden Profile anlegen, die Du alle separat konfigurieren kannst. Minütliche Updates, oder auch Stunden, Tage oder wochenweise. Das könnte es dann auch für Dich sein.