Viel hilft viel! 
Hatte auch schon Akkus im Kofferaum. Jedoch hab ich bewusst drauf verzichtet, damit ich nicht immer extern nachladen muss und die Gewichtsverteilung nicht zu Hecklastig wird. Wenn der Motor läuft versorgt die 140A-LiMa meine Verstärker. Beim Pegeln wird die Front-Batterie garnicht geladen - im Gegenteil, ab einem gewissen Punkt wirkt eine leere Batt parasitär. Schwächelnde Zusatzbatt im Kofferaum umso mehr :-X
Alle Erfahrungswerte hab ich hier niedergeschrieben:
http://www.hifi-forum.de/index.php?action=browseT&back=1&sort=lpost&forum_id=165&thread=59
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PS: Trennrelais ist Geschmackssache und Radio-Strom holt man bestenfalls ausm Kofferaum (Zentraler Massepunkt der Anlage).