Hiho,
also ich glaube mit ziemlicher Gewissheit, Dein Problem lösen zu können.
Ich habe mir vor kurzem einen gebrauchten Audi A3 1.9 TDI BJ 2002 (Facelift) zugelegt. Nachdem ich das erste mal in der Waschanlage war habe ich plötzlich festgestellt, dass bei mir im Fußraum auf der Fahrerseite auch alles klatschnass war - vorne wie auch hinten.
Nach längerem hin und her, haben auch erst alle (ATU-Werkstatt, Forenschreiber, etc.) auf Dreck im Wasserkasten getippt. Also Wasserkastenabdeckung weggemacht, die ganzen Blätter rausgemacht und wieder Wasser drüber gekippt.
Aber Pustekuchen -> immer noch Wasser bei den Pedalen bzw. auf der Fußablage runtergelaufen. Also weitergesucht, die Plastik-Schutz-Teile in den Radläufen mal losgeschraubt und Wunder was, da waren meterweise Blätter drin gesteckt, und zwar soviele, dass das Wasser garkeine Möglichkeit mehr hatte irgendwohin abzulaufen.
Also wieder alle Blätter weggemacht und wieder Wasser mit der Gieskanne reingekippt. Aber leider immer noch Wasser in den Fußraum gelaufen.
Was nun? Direkt beim Wasserablaufloch (links im Wasserkasten, Fahrerseite) ist eine Plastikabdeckung in die die ganzen Kabel und Stecker für die Front-Elektronik der Beleuchtung etc. gehen der mit 2 Schrauben festgemacht ist.
Anscheinend war der nicht mehr richtig dicht (Dichtung haben wir keine gesehen) und den hat dann die Werkstatt bei der ich das Auto gekauft hatte einfach mit Scheibenkleber (der zum Kleben der Windschutzscheibe) abgedichtet und dann wieder draufgesetzt. Ebenso haben die noch einen fetten Rand Scheibenkleber um das eine Kabel, welches da noch neben dem Wasserablaufloch im Wasserkasten verschwindet, drum gezogen und gut wars.
2 Tage gewartet bis das Zeug richtig ausgehärtet war und dann den Hardcore-Test in der Waschanlage gemacht.
Ergebnis: Kein Wasser mehr im Fußraum 
Ich hoffe ich konnte Dir damit weiterhelfen - falls das nicht helfen sollte: Viel Erfolg bei der weiteren Fehlersuche.
Gruß
hansw0rst