Ok, legen wir mal los:
Ich empfehle Dir erstmal dass Du Dir ein Doppel-Din mit 3 Vorverstärkerausgängen zulegst: Front, Rear und Sub. Diese sollten mindestens 4V, besser 5V haben.
Das macht den gesamten Einbau einiges einfacher.
Dann brauchst Du noch folgenden Adapter auf jeden Fall:
http://www.ebay.de/itm/Aktiv-System-Radio-Adapter-BOSE-AUDI-SEAT-VW-4x-Lautsprecher-A3-A4-A6-Seat-VW-/200864319313?pt=Kabel_Stecker&hash=item2ec4724751
(oder einen der genauso aufgebaut ist).
Damit schließt Du Dein Radio über die Line-Ausgänge an den Bose-Verstärker an. Ich nehm ja mal an dass die normalen Bose-Lautsprecher drinbleiben sollen (klingen auch gar nicht so verkehrt wenn sie mal richtig angesteuert werden, nicht wie viele hier behaupten).
Mit dem Adapter kannst schonmal generell testen, wenn Du beim Ausschalten einen "Knall" in den Lautsprechern hast (nicht zu überhören 
) dann brauchst Du in den Cinch-Leitungen noch das hier:
(das dann 2x, also einen für front, einen für rear).
Liegt daran dass die Bose-Endstufe nicht normal das Signal auf Masse bekommt sondern um 5V verschobenes Massepotential für die Tonsignale hat damit diese verzerrungsfrei über die Klingeldrähte die Audi gelegt hat übertragen werden. Pioneer-Radios benötigen alle diese Filter, Alpine kommt angeblich ohne aus.
Der Subwoofer vom Bose-System sitzt links hinter der Abdeckung. Um den rauszubekommen muss die ganze Verkleidung runter, also auch am Besten die von der hinteren Beifahrerseitenwand. Hinter der kann man übrigens wunderbar nen Verstärker verstecken. Der Sub vom Bose-System bekommt sein Signal aus einer Kreuzung der Front- und Rearsignale, das ist beim Einmessen per Mikro natürlich großer Mist und versaut Dir jede Messung. Darum sollte man wie Du es vorhast nen separaten Sub mit eigenem Cinch-Kabel zum Radio verlegen, und hier kommt dann der dritte benötigte Vorverstärkerausgang am Radio ins Spiel!
Den vom Bose-Sub abgezogenen Stecker einfach isolieren und zur Seite packen, wird nicht mehr benötigt. Die Bose-Endstufe sitzt hinter der rechten Verkleidung hinten vor der Heckleuchte hochkant. Für vorne+hinten reicht die dicke aus.
Was für einen Sub und Verstärker Du dann verbaust ist Dein Bier, je nach Geschmack. Guck nur drauf dass Dein Radio wenn möglich auch über einen gute EQ verfügt mit möglichst vielen Kanälen, so kannst Du das Signal wesentlich besser auf die vorhandenen Lautsprecher justieren. Damit bekommst Du dann auch aus den Bose-Teilen nen feinen Klang 
Falls die vorderen Bose knarzen: Prüf mal die Hochtöner, ob die durch sein. Ein neuer Tieftöner kostet nur 50€ und passt ohne Umbauten, aber wenn der Hochtöner durch ist schiesst das Dir oftmals gleich wieder den Tieftöner ab! Also vorsicht.