Teile die allesamt über die Jahre kaputt gehen bzw. falsch arbeiten/messen 
LMM = Luftmassenmesser, N75 = Ladedruckregelventil, SUV = Schubumluftventil etc.
Das mit den Schläuchen ist so eine Sache. bei dem Alter vom AGU kannst du davon ausgehen, dass alle Schläuche rissig und porös sind. Hab ich mit meinem selbst schon alles durch.
Zu deinen Fragen im Eingangspost:
Schwierig, da es einfach davon abhängt, was du vorhast.
Wie gesagt: für ~200 PS reicht Chip + Auspuffanlage. Rest kann Serie bleiben und muss nicht getauscht werden.
Für 250 PS musst du einen K04-Umbau machen:
Nur mal grob die Teileliste, näheres findest du über die Suche, da gibts einige Umbauthreads.
-VR6 Luftmassenmesser bzw. Gehäuse
-Ansaugschlauch
-K04 Krümmer
-K04-022 oder K04-023 Lader etc. +Wasser-/Ölleitungen
-Ladeluftkühler + Verrohrung
-Einspritzdüsen
-Benzinpumpe
-S3 Hosenrohr oder 3" Ausführung aus dem Tuningmarkt
-S3 BiKat oder 100 bzw. 200 Zeller Kat
-Rückstaufreie Auspuffanlage ab Kat
-Neue, stärkere Kupplung (G60/VR6)
-größere Bremsanlage
-etc.
Um mal etwas auf deine Fragen einzugehen.
Aus dem VAG Regal gibt es eine stärkere Benzinpumpe als die vom AGU die P&P passt. Teilenummer hab ich grad nicht mehr zur Hand, kann ich aber noch raussuchen. Bosch 044 etc müssen halt wieder extern angeschlossen werden.
Für "nur Chip" reicht die original Pumpe noch aus, sofern sie altersbedingt noch nicht am Ende ist.
Benzindruckregler gibts auch den vom A4 1.8T mit MKB: AEB. Der hatte ab Werk einen 4 bar Regler verbaut. Wenn du allerdings den Benzindruck erhöhen willst, solltest du das mit deinem Tuner absprechen. Kann auch nach hinten losgehen.
R32 DSG Ansaugung habe ich auch mal einen Umbau verfolgt. Ob der allerdings erfolgreich war kann ich dir nicht sagen. Der AGU hat allerdings noch die Ansaugung vom Frontgrill. Diese ist schonmal besser als die der späteren Facelift 1.8T. Die holen sich die Luft aus dem Kotflügelbereich.
Wenn man sich jetzt z. B. eine Carbonairbox holen will, muss man beim AGU drauf achten, dass die Zündendstufe im Luftfilterkasten befestigt ist und Kühlung braucht.
Zündkerzen können Serie bleiben. Original werden für A3 1.8T und S3 1.8T die selben Kerzen verwendet.
Ölwanne ist mir nicht bekannt, dass da mal jemand am Volumen was gemacht hätte 
Gibt hier von Tuningfirmen nur andere mit Schwallblechen zu kaufen.
Die 1.8T haben Serie bereits einen Ölkühler. Das ist das Gehäuse an dem der Ölfilter rankommt und wird mit Kühlwasser umflossen.
AGU Schwachstellen: Was Fehler betrifft ist der AGU leider nicht gerade mitteilungsfreudig. Was meistens der Fall ist: Karre bockt, Fehlerspeicher leer. Von daher muss man viel Geduld und Nerven mitbringen. So unterscheidet den AGU von den anderen 1.8T noch die größeren Einlasskanäle der Ansaugbrücke in den Kopf und die dickeren Pleuel.
Welches Öl?.. naja… einfach mal die Suche benutzen 
Da scheiden sich die Geister und wirklich jeder wird dir sein Wunderöl empfehlen. Einige werden mich z. B. steinigen da ich ein 10W40 in einem 1.8T fahre.
Wo sich allerdings fast alle einig sind: Finger weg vom 5W30.
Mit einem 5W40 machst du nichts falsch.
Ladeluftkühler ist auch so eine Sache. Kommt auf die Leistung und den Lader drauf an.
Beim kleinen K03 sollte das Volumen nicht zu groß ausfallen da sonst das Turboloch größer wird, da der kleine Lader länger braucht zum "befüllen"
Die Serien S3 LLK können nicht P&P verbaut werden, da der S3 eine andere Verrohrung hat. (S3 Ansaugbrücke Öffnung Fahrerseite, A3 Ansaugbrücke Öffnung Beifahrerseite). Weiteres Problem sind die Plastikkästen, die beim A3 und S3 LLK zum Einsatz kommen, da diese undicht werden können.
Wenn genug Geld vorhanden ist, kannst du dich nach dem Wagner LLK für den S3 umschauen.
Ich hab Ladedruck, Öldruck und Öltemperatur Anzeigen verbaut. Die einzige Anzeige auf die ich wirklich achte ist die Öltemperatur.